中国科学院上海应用物理研究所筹建于1958年，成立于1959年，时称“中国科学院上海理化研究所”；2003年6月经中国科学院批准由“中国科学院上海原子核研究所”重组更名为现名。上海应用物理所是专业从事民用非动力核技术科学研究的国立研究所，主要开展加速器科学与技术、先进光子科学、核物理与民用非动力核技术、前沿交叉学科等4个学科领域的研究工作，同时积极推进科研成果的产业化。